對于國內大部分客戶而言，注冊日本公司的好處是可進行離岸操作，利用日本制造的高尖端品牌形象進行自身產品打品牌，提升國際形象，從而拓展國際市場；也可從事日本實地運作，或從事跨境電商貿易提供了便利途徑。注冊日本公司的好處主要如下：
打品牌，樹立國際形象——日本的電子、汽車、醫療保健、服裝、機械、化妝品、游戲等行業具有全球競爭力，在國際上具有較好的知名度，深受世界各國及國內人的好評與認可。注冊同類行業的日本公司，委托授權國內企業生產包裝，或從事同類型行業的國際貿易，有利于產品的推廣發展，提高企業競爭力。
良好的營商環境 ——日本公司政局穩定，企業運營所需的商業環境和硬件軟件設施極為發達；日本頒布了一系列利于對外貿易的政策，同大多數國家和地區進行自由貿易，為日本對外貿易規模的不斷擴大創造了有利的國際市場條件。
公司注冊限制較少——公司名稱可自由選擇，本政府均允許公司名稱含有國籍，集團，控股，實業，投資，企業，協會，商會，聯合會，促進會，中心，研究院，出版社，雜志社等字號。對經營范圍和注冊資金也沒有太大的限制，如醫療保健、進出口貿易、房地產、船務運輸、旅游、文化出版等在國內難注冊的行業，注冊的日本公司可以經營。
方便申請日本投資經營簽證——注冊日本公司，可以向政府申請來日經營投資簽證；在日本居住滿5年以上，可以申請日本國籍；在日本連續住滿10年以上可獲得在日本的永住權。
允許空殼公司存在——日本注冊公司允許空殼公司的存在，董事無需親自到日本就可以辦理一切注冊日本公司手續。
日本與中國一衣帶水，是世界第三、二經濟大國，經貿往來龐大；雅虎、百度、阿里巴巴等等知名企業都在日本注冊公司，開拓日本市場。國內從事化妝品、餐飲、重工機械、游戲等行業，通過注冊日本公司進行企業的包裝，有利于產品的推廣營銷。
